Программа основной школы ориентирована на создание комфортной, мотивирующей и развивающей образовательной среды, которая поддерживает развитие у подростков интереса к учебе, саморазвитию, реализации индивидуальных способностей и компетенций.

С 5 класса мы применяем дифференцированное обучение по основным предметам, что позволяет создать условия для успешного обучения поступивших к нам детей с разным уровнем подготовки.

В 5-7 классах мы даем ребятам возможность через проектную деятельность попробовать себя в разных предметных областях и определить свои интересы через практическое погружение в четыре направления: естественно-научное, инженерное, общественно-социальное и искусство.

С 8 класса в НОВОЙ гимназии мы начинаем предпрофильную подготовку по четырем направлениям: физико-математическому, социально-экономическому, химико-биологическому и гуманитарному. Предпрофильная подготовка - часть индивидуального образовательного маршрута для каждого ребенка, дающая возможность осознанного выбора профильной направленности на момент окончания 9-го класса.

В основной школе гимназисты осваивают дисциплины восьми предметных областей: словесность (русский язык и литература), английский язык, математика и информатика, общественно-научные предметы, естественно-научные предметы, искусство, технология и физическая культура.

Деление на подгруппы в параллели происходит по английскому языку, математике и русскому языку.